La motivation pour l'étude des mathématiques dans les diplômes d'ingénieur est un facteur clé pour la réussite des étudiants en ingénierie. Cependant, il existe des insuffisances dans le développement des compétences mathématiques pour atteindre les objectifs de cette discipline dans le diplôme. L'objectif de ce travail est de motiver les étudiants à travers une méthodologie d'enseignement de la modélisation mathématique via les équations différentielles dans le cursus d'ingénieur agronome. A partir de la pratique pré-professionnelle des étudiants, la matière des Mathématiques Supérieures est insérée avec l'orientation des activités extra-mathématiques liées à l'étude des problèmes professionnels, la réalisation d'ateliers pour la définition des problèmes professionnels et leur modélisation mathématique ultérieure.