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La progression de la maladie implique un réseau de voies moléculaires en interaction constituées de médiateurs pro-inflammatoires tels que des cytokines, des facteurs de croissance, des espèces réactives de l'oxygène, des métalloprotéinases matricielles (MMP) et leurs inhibiteurs et régulateurs. Les macromolécules matricielles telles que les protéoglycanes et les protéines non ollagènes peuvent être dégradées par les protéinases des quatre classes principales (résidus métallo, sérine, cystéine et site actif aspartique). Les métalloprotéinases matricielles (MMP) sont membres d'une grande sous-famille d'enzymes protéolytiques dépendantes du Zn 2+ et du Ca 2+, jouant un rôle important dans la destruction parodontale.