O aterro bioreactor oferece vários benefícios potenciais, incluindo a rápida estabilização de resíduos, melhor produção de gás, melhor gestão de lixiviados e todos os benefícios associados a este. Com todas as novas tecnologias, existem potenciais inconvenientes. A tecnologia dos aterros sanitários bioreactores, sendo relativamente nova na área da gestão de RSU, tem potenciais inconvenientes. Tal como acontece com os custos, os riscos acarretam um aspecto local para os custos associados aos riscos ou à prevenção de riscos. Os riscos gerais com a potencial operação de aterros com bioreactores são o aumento das emissões de gases, o aumento do investimento e dos custos operacionais, a infiltração de lixiviados, a estabilidade da inclinação, as necessidades de implementação e os prazos, etc.