Die Nanodentistry steht vor vielen großen Herausforderungen, wenn sie ihre Versprechen in die Tat umsetzen soll. Die grundlegenden technischen Probleme reichen von der präzisen Positionierung und Montage von Teilen im molekularen Maßstab über wirtschaftliche Nanoroboter-Massenproduktionstechniken bis hin zur Biokompatibilität und der gleichzeitigen Koordinierung der Aktivitäten einer großen Anzahl unabhängiger Roboter im Mikromaßstab.einer großen Anzahl unabhängiger Roboter im Mikromaßstab. Bevor die molekulare Nanotechnologie in das moderne medizinische Arsenal aufgenommen werden kann, müssen noch größere gesellschaftliche Fragen der öffentlichen Akzeptanz, der Ethik, der Regulierung und der menschlichen Sicherheit geklärt werden. Aber es gibt ebenso starke Motivationen, diese verschiedenen Herausforderungen zu meistern, wie z. B. die Vision, dass die 80 % der Weltbevölkerung, die derzeit keine nennenswerte zahnärztliche Versorgung erhalten, ein ähnliches Niveau an Mundgesundheit genießen könnten, an das sich die Bürger der Industrienationen bereits gewöhnt haben.