La nanodentistería se enfrenta a muchos retos importantes para hacer realidad sus promesas. Los problemas básicos de ingeniería abarcan desde la colocación y el montaje precisos de piezas a escala molecular hasta las técnicas económicas de producción en masa de nanorobots, pasando por la biocompatibilidad y la coordinación simultánea de las actividades dede un gran número de robots independientes a escala micrométrica. Antes de que la nanotecnología molecular pueda entrar en el arsenal médico moderno, hay que abordar cuestiones sociales más amplias como la aceptación pública, la ética, la regulación y la seguridad humana. Pero hay motivaciones igualmente poderosas para superar estos diversos retos, como la visión de que el 80% de la población mundial que actualmente no recibe ninguna atención dental significativa pueda disfrutar de un nivel de salud bucodental similar al que ya están acostumbrados los ciudadanos de las naciones industrializadas.