La nanodentistry deve affrontare molte sfide significative per realizzare le sue promesse. I problemi ingegneristici di base vanno dal preciso posizionamento e assemblaggio di parti su scala molecolare, alle tecniche economiche di produzione di massa di nanorobot, alla biocompatibilità e al coordinamento simultaneo delle attività di un gran numero di robot indipendenti su scala micrometrica.di un gran numero di robot indipendenti su scala micrometrica. Prima che la nanotecnologia molecolare possa entrare a far parte dell'armamentario medico moderno, è necessario affrontare questioni sociali più ampie, quali l'accettazione da parte del pubblico, l'etica, la regolamentazione e la sicurezza umana. Ma ci sono motivazioni altrettanto forti per superare queste varie sfide, come la visione che l'80% della popolazione mondiale che attualmente non riceve cure dentistiche significative possa godere di un livello di salute orale simile a quello a cui sono già abituati i cittadini dei Paesi industrializzati.
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