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Este estudio presenta de forma inédita el objetivo de realizar el secado de las cortezas de C. limettioides Tan. aplicando la modelización matemática, cuantificar el contenido fenólico total y de flavonoides y evaluar el potencial antimicrobiano de la nanoemulsión estable mediante el método de baja energía.A través de los resultados obtenidos se pudo determinar que el modelo matemático de Logaritmo fue el que mejor se ajustó a los datos experimentales. El contenido fenólico total cuantificado fue de 75,124 mg EAT g-1 y los flavonoides de 99,22 mg EQT g-1. El AE y la nanoemulsión presentaron actividad fungicida contra todos los microorganismos ensayados. Los resultados obtenidos demuestran el potencial necesario para la aplicación del AE y la nanoemulsión de las cortezas de C. limettioides Tan como antimicrobiano, fomentando el potencial de la aplicación del AE.