Os eucariotas e os procariotas são os dois super-reinos dos organismos. O cromossoma eucariótico é uninémico, ou seja, contém uma dupla hélice de ADN. O ADN tem de estar disponível para a formação do complexo de pré-iniciação, com a sua RNA polimerase e factores gerais de transcrição. Parece que o ADN enrolado em torno dos nucleossomas não está muitas vezes acessível para a formação do complexo de pré-iniciação, mas está disponível para ser reconhecido pelas proteínas activadoras da transcrição, também chamadas factores de transcrição específicos.