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A investigação ecológica baseia-se na medição de parâmetros de importância nos organismos e nos factores ambientais com os quais estes interagem. Isto chama-se amostragem. Na maioria dos casos, é impossível medir todos os organismos ou as diferentes partes do ambiente envolvidas em um estudo. A amostragem pressupõe um processo de seleção de organismos ou ambientes a serem medidos. A chamada "amostra" tem de representar eficazmente os grupos marinhos seleccionados. Contudo, a representatividade da amostragem varia de acordo com o tamanho da amostra (número de amostras) e de acordo com a distribuição espacial e temporal dos organismos em estudo. O esforço de amostragem é um compromisso entre minimizar o esforço durante a fase de coleta de dados e maximizar a confiabilidade das conclusões derivadas desses dados. Os princípios e procedimentos para a amostragem de organismos bentónicos marinhos estão aqui resumidos.