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La recherche écologique est basée sur la mesure des paramètres importants des organismes et des facteurs environnementaux avec lesquels ils interagissent. C'est ce qu'on appelle l'échantillonnage. Dans la plupart des cas, il est impossible de mesurer tous les organismes ou les différentes parties de l'environnement concernés par une étude. L'échantillonnage présuppose un processus de sélection des organismes ou des environnements à mesurer. Ce que l'on appelle "l'échantillon" doit représenter efficacement les groupes marins sélectionnés. Cependant, la représentativité de l'échantillonnage varie en fonction de la taille de l'échantillon (nombre d'échantillons), et en fonction de la distribution spatiale et temporelle des organismes étudiés. L'effort d'échantillonnage est un compromis entre la minimisation de l'effort pendant la phase de collecte des données et la maximisation de la fiabilité des conclusions tirées de ces données. Les principes et les procédures d'échantillonnage des organismes benthiques marins sont résumés ici.