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La ricerca si è concentrata sull'identificazione di nuovi agenti patogeni nascosti che potrebbero contribuire alla patogenesi della malattia parodontale. La parodontite cronica sembra avere una complessa eziologia batterica. Nonostante le modalità terapeutiche avanzate volte alla completa eliminazione degli agenti patogeni parodontali, la prevalenza delle malattie parodontali è in aumento. L'avvento di metodi molecolari come la PCR, le tecniche di ibridazione e le sonde a DNA ha reso possibile l'identificazione di specie non coltivate. Tra i nuovi agenti patogeni arruolati nella filogenesi parodontale figurano Cryptobacterium curtum, Dialister pneumosintes, Filifactor alocis, Mitsuokella dentalis, Slackia exigua, Selenomonas sputigena, Solobacterium moorei, Treponema lecithinolyticum, Synergistes. Questi nuovi agenti patogeni identificati sono stati classificati in base all'associazione significativa con la parodontite in livelli di associazione superiori, moderati e inferiori.