Segundo o seu próprio prefácio, Spinoza descreve um método novo e livre de interpretação da Escritura, a partir do qual ele investiga as questões que se relacionam com essa interpretação e que, ao longo da sua argumentação, levam-no a concluir em favor da absoluta liberdade da razão e da separação entre a filosofia e a teologia. O método de interpretação da Escritura permite desenvolver toda a argumentação necessária para que o leitor do Tratado aceite a conclusão de Spinoza: a liberdade de pensar é benéfica ao Estado e à própria religião. Para Spinoza, o método é um instrumento que a mente usa para investigar a verdade. O método de interpretação da Escritura é o mesmo de interpretação da Natureza. Na interpretação de Spinoza, o intérprete se revela num outro papel, o de investigador. Antes, esse papel era de usurpador, quando os intérpretes se aproveitavam dos preconceitos do vulgo para usurpar o sentido dos textos da Bíblia em benefício próprio. A questão interpretativa de Spinoza se concentra no sentido e não mais na suposta verdade dos textos.