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La pectinase a été l'une des premières enzymes à être employée commercialement dans divers secteurs, dès 1930. Les pectinases microbiennes représentent 25% de toutes les ventes d'enzymes alimentaires dans le monde. Les pectinases sont actuellement les principales enzymes utilisées dans le secteur commercial. Il est prouvé qu'au lieu d'utiliser des souches à haut rendement, le coût de production peut être réduit en utilisant des conditions de fermentation idéales et des matières premières peu coûteuses comme source de carbone et substrat.