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La pectinasa fue una de las primeras enzimas que se emplearon comercialmente en diversos sectores, desde 1930. Las pectinasas microbianas representan el 25% de todas las ventas de enzimas alimentarias del mundo. Las pectinasas son la enzima líder en el sector comercial en la actualidad. Se ha demostrado que, en lugar de utilizar cepas de alto rendimiento, se puede reducir el coste de producción utilizando condiciones de fermentación ideales y materias primas baratas como fuente de carbono y sustrato.
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