L'analyse de la diversité génétique de l'Origanum glandulosum Desf., une espèce endémique de la Tunisie, a été réalisée sur cinq populations naturelles provenant du nord de la Tunisie. La caractérisation morphologique montre l'existence d'une hétérogénéité phénotypique importante pour la majorité des caractères mesurés. Cependant, les analyses multivariées montrent un chevauchement entre les individus de différentes populations traduisant un lien entre elles. L'analyse de la variabilité génétique moyennant treize marqueurs SSRs, a révélé une différentiation hautement significative entre les populations tunisiennes traduisant la présence d'une structuration entre ces populations. Cependant, les valeurs de FST sont faibles. La structuration génétique selon l'origine géographique des populations tunisiennes existe mais faible, ce qui permet de conclure la présence d'un seul pool génique complexe. L'origan tunisien a présenté des rendements en huiles essentielles élevés. Le thymol, le p-cymène, le Gamma-terpinène et le carvacrol sont leurs principaux composés. Les huiles essentielles d'origan ont des niveaux élevés des composés phénoliques et sont de puissants antioxydants naturels.