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La pectinasi è stato uno dei primi enzimi ad essere impiegato commercialmente in vari settori, a partire dal 1930. Le pectinasi microbiche rappresentano il 25% di tutte le vendite di enzimi alimentari nel mondo. Attualmente le pectinasi sono l'enzima leader nel settore commerciale. È stato dimostrato che, invece di utilizzare ceppi ad alta resa, il costo di produzione può essere ridotto utilizzando condizioni di fermentazione ideali e materie prime poco costose come fonte di carbonio e substrato.