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Au Pléistocène supérieur (32000 - 26000 ans BP), au Kivu, un ensemble forestier hétérogène occupe le PNKB, sous un climat modérément chaud et humide.Au dernier maximum glaciaire, ca. 18000 ans BP, les milieux ouverts herbacés occupent très largement l'espace alors que les massifs boisés sont relégués dans des zones refuges. A l'Optimum Humide Holocène (10000-7000 ans BP), avec l'accroissement des précipitations, le lac Kivu connaît une hausse importante alors que les dépressions en altitude sont transformées en lacs. La progression de la forêt ombrophile qui s'ensuit est enregistrée ca. 6000 ans BP. Vers 4000 ans BP , une expansion importante des milieux ouverts naturels climatiques, prairies en altitude et savanes sur les pentes inférieures des reliefs, souligne un déficit hydrique à mettre en relation avec la période d'aridité globale de l'Afrique à cette époque. Une instabilité climatique persiste jusqu'à ca. 2500 ans BP, traduite par une extension des zones à bambous. Dès le début du second millénaire AD, l'horizon inférieur de la forêt dense, qui a reconquis le terrain, commence à se secondariser sous un effet anthropique croissant.