La biotecnología se aplica en muchos campos de la acuicultura, incluido el de la nutrición. El coste de la alimentación de los peces representa alrededor del 50% del coste de las granjas marinas porque depende principalmente de la harina y el aceite de pescado en la formulación de la dieta. Además, los peces marinos no dependen de los carbohidratos suministrados en sus dietas como fuente de energía y no pueden digerirlos eficientemente, por lo que dependen del aceite de pescado como principal fuente de energía y pueden depender también de las proteínas. La biotecnología busca alternativas no convencionales a la harina y el aceite de pescado, así como herramientas para mejorar la utilización de carbohidratos en los peces, ya sea mediante el uso de exoenzimas, probióticos, programación de peces o incluso transferencia de genes. La biotecnología ayuda a controlar los brotes de enfermedades en la maricultura intensiva mediante el uso de antibióticos alternativos. Recientemente, se ha empezado a aplicar en acuicultura el concepto de comida inteligente basada en la adición de aditivos alimentarios. La epigenética es un concepto reciente de la biotecnología nutricional que se utiliza para programar la alimentación de los peces. La biotecnología se aplica en criaderos, sistemas de biofloc y perifiton. Se están desarrollando herramientas biotecnológicas para mejorar y desarrollar el sector de la maricultura y reducir los costes de alimentación y producción.
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