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El cuerpo de los mamíferos está formado por más de 200 tipos de células; casi todas ellas tienen el mismo genoma pero distinta morfología y funciones. Estas diferencias se deben a la maquinaria reguladora génica específica de cada célula. El genoma de los mamíferos tiene una compleja organización de secuencias reguladoras asociadas a diferentes elementos reguladores. El ADN lineal del núcleo está plegado de forma muy compleja y este plegamiento acerca regiones distantes entre sí. La combinación de diferentes proteínas de unión al ADN, como los factores de transcripción y las histonas; marcas epigenéticas, como la posición de los genes y la modificación dinámica del ADN y las histonas; y la organización tridimensional del paisaje regulador interactúan de forma omnipresente y específica de cada célula para generar complejos patrones de expresión espaciotemporal. Los métodos de inmunoprecipitación de la cromatina (ChIP seq) y captura de la conformación cromosómica (Hi C y 5C) pueden integrarse con la secuenciación shotgun del transcriptoma completo (RNA-Seq) para descifrar el patrón espacial de unión de los elementos reguladores a sus genes diana.