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El área natural protegida Laguna de Términos en el estado mexicano de Campeche al sur del Golfo de México es un gran ecosistema costero sujeto a fuertes presiones antropogénicas como las vinculadas a la industria petrolera, extracción pesquera, agricultura y ganadería. Se reconoce la modificación de hábitat por la deforestación, sobreexplotación de recursos, asentamientos humanos irregulares y contaminación, entre otros. La macrofauna acuática mas importante en este sistema son los peces que constituyen el objeto de estudio de este trabajo y permiten hacer un análisis integrado considerando a las comunidades de los principales subsistemas ecológicos. Se desarrolla un modelo de simulación Stella, que describe el comportamiento de distribución de la abundancia de los peces, considerando procesos de transferencia de energía y el desarrollo de los ciclos de vida de las especies dominantes y de importancia económica. Los alcances de estos resultados van en la dirección de profundizar en el conocimiento de los sistemas y sus recursos, entender mejor los mecanismos de interacción entre procesos ambientales y ciclos bióticos y contar con herramientas para la toma de decisiones.