Die funktionelle Behandlung im Allgemeinen beruht auf dem Prinzip, dass ein "neues Funktionsmuster", das durch die Apparatur vorgegeben wird, zur Entwicklung eines entsprechenden "neuen morphologischen Musters" führt. Das "neue Funktionsmuster" kann sich auf verschiedene funktionelle Komponenten des orofazialen Systems beziehen, z. B. auf die Zunge, die Lippen, die Gesichts- und Kaumuskeln, die Bänder und das Periost. Je nach Art der Apparatur legen die Befürworter mehr Gewicht auf eine dieser verschiedenen funktionellen Komponenten. Das "neue morphologische Muster" umfasst eine andere Anordnung der Zähne im Kiefer, eine Verbesserung der Okklusion und eine veränderte Beziehung zwischen den Kiefern. Dazu gehören auch Veränderungen im Umfang und in der Richtung des Kieferwachstums sowie Unterschiede in der Größe und den Proportionen des Gesichts. Während die festsitzende kieferorthopädische Mechanotherapie überwiegend auf der Einwirkung von Kräften beruht, werden bei der funktionellen Apparatetherapie zu einem großen Teil auch Systeme zur Kraftentlastung eingesetzt.