Le traitement fonctionnel en général repose sur le principe selon lequel un "nouveau modèle de fonction", dicté par l'appareil, entraîne le développement d'un "nouveau modèle morphologique" correspondant. Le "nouveau schéma fonctionnel" peut se référer à différents composants fonctionnels du système orofacial, par exemple la langue, les lèvres, les muscles faciaux et masticateurs, les ligaments et le périoste. Selon le type d'appareil, son promoteur met davantage l'accent sur l'un de ces différents composants fonctionnels. Le "nouveau modèle morphologique" comprend une disposition différente des dents dans les mâchoires, une amélioration de l'occlusion et une modification de la relation entre les mâchoires. Il inclut également des changements dans la quantité et la direction de la croissance des mâchoires, ainsi que des différences dans la taille et les proportions du visage. Alors que la mécanothérapie orthodontique fixe repose principalement sur l'application de forces, une grande partie de la thérapie par appareils fonctionnels fait également appel à des systèmes de suppression des forces.