As plantas medicinais produzem constituintes bioactivos capazes de prevenir ou curar doenças. Também proporcionam um ambiente único para os endófitos. Existem diversos fungos endófitos nos tecidos das plantas, com uma estimativa global de até um milhão de espécies. Estes endófitos ocorrem presumivelmente numa associação mutualista com as plantas hospedeiras, tal como o reforço das capacidades competitivas dos hospedeiros através da excreção de alguns metabolitos bioactivos. Os endófitos fúngicos que residem em plantas medicinais foram reconhecidos como uma fonte provável de novos metabolitos de importância farmacêutica. No entanto, estes fungos especiais ainda não foram sistematicamente caracterizados. A nossa investigação sistemática revela uma grande diversidade de fungos endofíticos de plantas medicinais. Tanto as plantas medicinais como os endófitos são uma fonte rica de produtos naturais bioactivos. Este estudo também contribui para uma melhor compreensão das relações entre o hospedeiro e o endófito.