Les plantes médicinales produisent des composants bioactifs capables de prévenir ou de guérir des maladies. Elles constituent également un environnement unique pour les endophytes. Divers champignons endophytes existent dans les tissus des plantes, avec une estimation globale allant jusqu'à un million d'espèces. Ces endophytes vivent probablement en association mutualiste avec les plantes hôtes, notamment en améliorant les capacités concurrentielles des hôtes par l'excrétion de certains métabolites bioactifs. Les endophytes fongiques résidant dans les plantes médicinales ont été reconnus comme une source probable de nouveaux métabolites d'importance pharmaceutique. Toutefois, ces champignons spéciaux n'ont pas été systématiquement caractérisés. Notre étude systématique révèle une grande diversité de champignons endophytes de plantes médicinales. Les plantes médicinales et les endophytes se révèlent être une riche source de produits naturels bioactifs. Cette étude contribue également à une meilleure compréhension des relations hôte-endophyte.