Parallèlement au procédé à boues activées et au lagunage aéré, qui sont de caractère intensif, le lagunage naturel présente par ses nombreux avantages, une alternative idéale pour de nombreux pays ensoleillés qui réunissent toutes les conditions favorables à son bon fonctionnement. C'est dans le but de l'étude de ce procédé biologique et peu onéreux, faisant intervenir les micro-algues et les bactéries dans l'épuration des eaux usées, que s'inscrit ce présent travail qui détaille notamment le principe de fonctionnement d'une station d'épuration par lagunage naturel, les principaux paramètres de pollution des eaux usées ainsi que leurs analyses. Le développement intense des micro-algues dans les différents bassins d'une station d'épuration par lagunage naturel génère une forte production de biomasse, communément, considérée avec la pollution. Il s'agit alors, dans ce document, d'évaluer la pollution résiduelle qui correspond à la part additionnelle de pollution. Comme étude de cas, la lagune de Béni-Messous a été choisie pour son implantation en parallèle à l'Oued de Béni-Messous, à 5 km de son embouchure dans le littoral algérois (baie d'El Djamila) en mer Méditerranée.