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Uma das consequências do progresso tecnológico e da revolução industrial tem sido a libertação de um grande número de produtos químicos para o ambiente. A resposta da biota ao stress da poluição pode ser observada ao nível do ecossistema, da comunidade, da população, do indivíduo e do suborganismo de organização. O nível de poluentes detectados nos tecidos dos organismos é a única medida directa da proporção da entrega total de substâncias tóxicas à biota, e portanto indica a fracção que provavelmente entra e afecta o ecossistema aquático. A saúde de um ecossistema aquático pode ser avaliada por nenhuma alteração na organização da biota a nível da população, ou a nível da comunidade. As alterações que ocorrem a nível populacional e que são usadas para indicar a extensão da poluição numa área são denominadas 'índices bióticos', enquanto que as alterações a nível comunitário são geralmente representadas como 'índices de diversidade de espécies'. As alterações na estrutura da comunidade são geralmente vistas em termos de um declínio na diversidade das espécies.