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Este foi um estudo analítico transversal baseado na comunidade para avaliar a prevalência e fatores associados à desnutrição entre crianças entre 6-59 meses de idade no estado de Jubek, Sul do Sudão. Foram feitas medições antropométricas incluindo peso, comprimento/altura, circunferência média do braço (MUAC) e teste de HIV. O equipamento utilizado incluiu: A OMS recomendou a fita MUAC para crianças entre 6 meses a 59 meses de idade, balança digital (SECA) e Stadiometers portáteis. Os dados foram coletados de 396 crianças usando um questionário semi-estruturado pré-testado. A análise deste estudo revelou que, 32,2%, 28,2% e 32,3% das crianças eram raquíticas, gastas e com peso abaixo do normal, respectivamente. Os principais fatores associados à raquitismo foram idade superior a um ano (p= 0,004), crianças de famílias que estavam alugando suas casas e crianças que defecam em espaços abertos sem latrina em suas casas (p= 0,015). O baixo peso estava associado à idade da criança (p= 0,001), perda de apetite (p=<0,001), crianças que comiam do próprio prato (p=0,001) e crianças que não consumiam carne (p=0,007).