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Per ottenere prodotti probiotici funzionali e sicuri per il consumo umano, è fondamentale un controllo di qualità rapido e affidabile di questi prodotti. Attualmente, l'analisi della maggior parte dei probiotici si basa ancora su metodi coltura-dipendenti, che rendono questo approccio insensibile, laborioso e lungo. In questo studio, 10 prodotti commerciali sono stati sottoposti ad analisi microbica utilizzando un approccio coltura-indipendente e i risultati sono stati confrontati con quelli di un'analisi convenzionale coltura-dipendente. L'approccio indipendente dalla coltura prevedeva l'estrazione diretta del DNA, l'amplificazione PCR della regione V3 del DNA ribosomiale 16S e la separazione degli ampliconi su un gel denaturante a gradiente. L'acquisizione e l'elaborazione digitale dei pattern delle bande DGGE ha permesso l'identificazione diretta degli ampliconi a livello di specie. Questo approccio indipendente dalla coltura può essere eseguito in meno di 30 ore. Rispetto all'analisi dipendente dalla coltura, l'approccio DGGE DGGE è risultato avere una sensibilità molto più elevata per l'individuazione dei ceppi microbici nei prodotti probiotici in modo rapido, affidabile e riproducibile.