En este trabajo se propone el uso de sistemas de destilación reactiva con acoplamiento térmico como una estrategia para la reducción del consumo de energía y los costos de producción en el proceso de obtención de biodiesel en dos pasos con metanol a condiciones supercríticas. Por otra parte, se propone una metodología de diseño y optimización para los sistemas térmicamente acoplados con reacción química, basando el diseño en el método corto de Fenske-Underwood-Gilliland, así como la ecuación de Kirkbride para la determinación de la ubicación de los flujos de interconexión. Para llevar a cabo la optimización de los sistemas, el conjunto de ecuaciones que lo modela ha sido planteado como un problema de programación no lineal (NLP) y resuelto. Asimismo, se lleva a cabo un análisis de emisiones de contaminantes a la atmósfera con el fin de establecer el impacto ambiental del proceso a condiciones supercríticas y los potenciales beneficios del uso de sistemas reactivos con acoplamiento térmico en cuanto a la reducción de dichas emisiones.