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Comprendre la biogéochimie des estuaires nécessite une bonne connaissance des facteurs contrôlant le développement des différents compartiments biologiques et des relations trophiques entre ces compartiments. Le présent travail a été entièrement consacré à l'étude d'un compartiment : le méso-zooplancton, et plus particulièrement à l'étude de deux espèces dominantes : Eurytemora affinis et Acartia bifilosa. L'étude de ces copépodes a été réalisée dans quatre estuaires européens, grâce à des mesures de leur fécondité, de leur ingestion et de leur production. Les travaux présentés mettent en évidence les rôles prépondérants de la température et de la concentration en particules en suspension dans le contrôle de l'ingestion et de la production. Ils mettent également en évidence que le phytoplancton constitue une ressource majeure pour ces copépodes et que le nanoplancton pouvait constituer une ressource alternative dans le cas d'E. affinis ou complémentaire dans le cas d'A.bifilosa. Finalement, plusieurs voies trophiques privilégiées dont dépendent probablement plusieurs des processus biogéochimiques en estuaire sont proposées en fonction des conditions environnementales.