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Ao identificar as inovações introduzidas na gestão do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária (SNVS) na última década, este estudo analisa suas estratégias e diretrizes as relacionando com a agenda política governamental e sua missão constitucional. Para tal, foram aplicados o modelo de análise e as variáveis propostas por Souza e Contandriopoulos (2004) para avaliação da utilização do conhecimento científico no processo decisório (Acessibilidade, disponibilidade, validade, características do contexto científico). Busca, assim, compreender o contexto político e científico que conforma o ambiente no qual o conhecimento científico é priorizado na gestão do SNVS, observando os seguintes aspectos: decisões políticas e conhecimento científico; características dos formuladores de política e de suas instituições; características dos pesquisadores; características das instituições científicas; discursos dos policy makers e dos pesquisadores. O objetivo é analisar o foco dado ao conhecimento científico na gestão do SNVS, identificando suas principais estratégias, a produção científica e a rede de atores e refletindo sobre as tensões induzidas pela agenda política indutora da incorporação