Il cancro al seno comprende un gruppo di malattie molto eterogenee, che possono essere dimostrate a livello molecolare, istopatologico e clinico. L'eterogeneità a livello molecolare è stata dimostrata da differenze riproducibili nelle frequenze e nelle dimensioni delle aberrazioni genomiche e dall'espressione genica differenziale tra i carcinomi mammari, anche quelli con istologia simile. Gli studi sull'analisi dell'intero genoma mediante microarray di espressione hanno rivoluzionato la nostra comprensione dei carcinomi mammari, portando alla scoperta di 5 sottotipi distinti di carcinomi mammari (Luminal A, Luminal B, HER2 over-expression, Basal-like, Normal-like), ciascuno con fenotipi ed esiti clinici unici e riconoscibili. Studi successivi hanno dimostrato che i carcinomi mammari possono essere suddivisi in 5 sottogruppi simili utilizzando l'analisi immuno-istochimica (IHC) come surrogato con un pannello limitato di marcatori anticorpali (tra cui ER, PR, HER2, CK5/6 ed EGFR). Questi sottogruppi presentano caratteristiche distintive strettamente associate ai sottotipi definiti dalla profilazione dell'espressione genica, tra cui esiti clinici diversi, risposte diverse alla terapia adiuvante e modelli diversi di recidiva metastatica.