Vyrawniwanie posledowatel'nostej polezno dlq obnaruzheniq funkcional'noj, strukturnoj i äwolücionnoj informacii w biologicheskih posledowatel'nostqh. Dlq obnaruzheniq ätoj informacii wazhno poluchit' nailuchshee wozmozhnoe ili tak nazywaemoe optimal'noe wyrawniwanie. Krome togo, esli dwe posledowatel'nosti iz raznyh organizmow pohozhi, oni mogli imet' obschego predka, i posledowatel'nosti opredelqütsq kak gomologichnye.Posle togo, kak MSA najdena, kolichestwo tipow izmenenij w wyrownennyh ostatkah posledowatel'nosti mozhet byt' ispol'zowano dlq filogeneticheskogo analiza.V nekotoryh sluchaqh polozhenie nastol'ko wazhno dlq funkcii, chto mutacionnye izmeneniq ne nablüdaütsq.