Philip J. Farabaugh

Programmed Alternative Reading of the Genetic Code

Molecular Biology Intelligence Unit

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Produktbeschreibung

2. The Translational Machinery . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 Translation Initiation in Prokaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 Translation Initiation in Eukaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 14 Translation Elongation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Translation Termination in Prokaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Translation Termination in Eukaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 Error Correction in Translation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . 18 A Structural Basis of Error Correction in Translation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 Ribosome Editing: A Failsafe Error Correction Mechanism . . . . . . . . . . . . . . . . 22 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 3. Errors During Elongation Can Cause Translational 29 Frameshifting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Spontaneous Frameshifting Versus Programmed Frameshifting . . . . . . . . . . 30 Spontaneous Frameshifts Can Be Induced at Specific Codons . . . . . . . . . . . . 31 4. Programmed +1 Frameshifting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 The pifE Gene of E. coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Using the pifE System to Study General Frameshifting in E. coli . . . . . . . . 46 Ty Retrotransposons in Yeast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 Frameshifting in Retrotransposon Ty1 Occurs by tRNA Slippage . . . . . . . 48 Frameshifting in Retrotransposon Ty3 Occurs by Out-of-Frame Binding of tRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 The Rat Ornithine Decarboxylase Antizyme Gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 5. Programmed -1 Frameshifting in Eukaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 Programmed -1 Frameshifting in Eukaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 -1 Frameshifting Occurs on a "Slippery Heptamer" . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 The Simultaneous-Slippage Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72 of -1 Frameshifting by a Downstream Pseudoknot . . . . . . . . . . 77 Stimulation Does the Pseudoknot Only Block Passage of the Ribosome? . . . . . . . . . . . . . . . 79 Not All Pseudoknots Which Cause Ribosomes to Pause Can Stimulate -1 Frameshifting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 Is There a Pseudoknot Recognizing Factor? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 Some Simultaneous-Slippage Sites Do Not Include a Stimulatory Pseudoknot . . . . . .

Produktdetails

• Verlag: Springer / Springer US / Springer, Berlin
• Artikelnr. des Verlages: 978-0-412-13751-8
• 1997.
• Seitenzahl: 208
• Erscheinungstermin: 15. März 1997
• Englisch
• Abmessung: 254mm x 178mm x 14mm
• Gewicht: 549g
• ISBN-13: 9780412137518
• ISBN-10: 0412137518
• Artikelnr.: 27631884

Inhaltsangabe

1. Introduction.- 2. The Translational Machinery.- 3. Errors During Elongation Can Cause Translational Frameshifting.- 4. Programmed +1 Frameshifting.- 5. Programmed ?1 Frameshifting in Eukaryotes.- 6. Programmed ?1 Frameshift Sites in Prokaryotes.- 7. tRNA Hopping.- 8. Programmed Readthrough of Translational Termination Codons.- 9. Programmed Alternative Decoding as Programmed Translational Errors.- 10. Concluding Remarks.