In der zweiten Hälfte der 1990er-Jahre erlagen mehrere prominente DDR-Oppositionelle Krebserkrankungen. Deshalb wurde im Sommer 1999 eine Projektgruppe eingerichtet, die sich mit der Frage auseinandersetzte, ob das MfS Röntgenstrahlung oder radioaktive Substanzen gegen Häftlinge bzw. Systemgegner eingesetzt hatte. Die Forschungsgruppe kam zu dem Schluss, dass es keinen Einsatz von Strahlungsquellen mit dem Ziel einer vorsätzlichen Gesundheitsschädigung von Häftlingen oder Oppositionellen gab. Tatsächlich aber wurden strahlungsaktive Substanzen vom MfS für operative Zwecke eingesetzt. Insbesondere bei der radioaktiven Markierung von Gegenständen und Fahrzeugen, die der verdeckten Nachverfolgung dienen sollte, wurden gesundheitliche Schäden billigend in Kauf genommen. Der Bericht der „Projektgruppe Strahlen“ aus dem Jahr 2000 untersucht den Einsatz von Röntgengeräten in der Untersuchungshaft und im Grenzverkehr. Er beschreibt die Beschaffung und Anwendung radioaktiver Substanzen zu operativen Zwecken und bewertet die dabei auftretenden Strahlungsrisiken. Ein umfangreicher Dokumentenanhang enthält neben Grundsatzdokumenten und Dokumenten zur Zusammenarbeit mit dem SAAS und dem ZfK auch Fallbeispiele zur radioaktiven Markierung von Geldscheinen und Dokumenten.