La contaminación afecta a la calidad del agua de los lagos y otros recursos de agua dulce de todo el mundo. Puede adoptar muchas formas y proceder de fuentes industriales, agrícolas o municipales; algunos ejemplos comunes son los pesticidas, los herbicidas, las aguas residuales y la basura. Los lagos suelen contener altos niveles de contaminación en relación con el paisaje y el medio ambiente circundantes. Los ríos y arroyos drenan los contaminantes del paisaje, donde se concentran en los lagos y otras masas de agua. Las especies acuáticas, como los peces, pueden tener un alto contenido de contaminantes, ya que algunos no se disuelven y diluyen fácilmente en el agua, sino que son absorbidos por los organismos. Algunas especies de organismos acuáticos son especialmente sensibles a la contaminación; se utilizan como indicadores de contaminación y se denominan bioindicadores. Dado que los lagos drenan un amplio paisaje circundante, reflejan los procesos y acciones que operan a su alrededor. Cuando se derraman sustancias químicas, éstas pueden desaguar en los arroyos cercanos y ser transportadas aguas abajo hasta los lagos.
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