Ao longo dos anos a substituição parcial de diesel de petróleo por biodiesel derivado de fontes lipídicas e menos poluente, passou a ser realidade. No entanto este acréscimo de biodiesel acarreta em problemas tecnológicos que não eram observados enquanto era utilizado somente o diesel derivado do petróleo. Entre os vários resíduos encontrados destacam-se os compostos da reação de esterificação como os mono-, di- e também alguns triacilgliceróis não reagidos. Outros compostos como esterilglicosídios presentes no óleo de soja que em solução lipídica são solúveis, acabam sendo insolubilizados com a esterificação do ácido graxo de sua cadeia o que acaba o tornando um precipitado em tanques de combustíveis. A presença destes constituintes indesejáveis no combustível, ocasiona o aumento de umidade e a proliferação de microrganismos que acabam formando biofilmes e dificultando a limpeza de tanques de estocagem e ocasionam o entupimento de filtros de veículos que fazem o uso deste tipo de combustível. Neste trabalho, é mostrado um tratamento de percolação em leito fixo de bauxita termoativada para a remoção destes contaminantes totais.