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Eschericia coli est un hôte fréquemment utilisé, car il facilite l'expression des protéines par sa relative simplicité, sa culture à haute densité peu coûteuse et rapide, la génétique bien connue et le grand nombre d'outils moléculaires compatibles disponibles. On a observé que les marqueurs d'affinité amélioraient le rendement en protéines, empêchaient la protéolyse et augmentaient la solubilité in vivo. La purification de ses protéines marquées est basée sur l'utilisation d'un ion métallique chélaté comme ligand d'affinité. Les entérokinases sont généralement utilisées pour la digestion des protéines de fusion car elles clivent la cible du côté C terminal de la séquence de reconnaissance, permettant l'élimination complète des séquences d'étiquettes d'affinité. Une étude a été réalisée dans laquelle les cellules E. coli ont été lysées par ultra-sonication pour récupérer la protéine de fusion soluble, puis filtrées par filtration à flux tangentiel (TFF) en utilisant un module de cassette à plaque plate. La protéine filtrée a été purifiée en utilisant une Chromatographie d'échange d'anions suivie d'une Chromatographie de pseudo affinité. La protéine de fusion a été clivée par digestion par entérokinase recombinante pour séparer le partenaire de fusion de la protéine d'intérêt. La récupération globale de la protéine désirée s'est avérée être de 24,7%.
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