A mudança de um mercado orientado para a quantidade para um mercado orientado para a qualidade dependerá da fiabilidade da segurança e da qualidade dos alimentos e das garantias de qualidade dos processos de produção. A prevalência crescente de agentes patogénicos de origem alimentar resistentes aos medicamentos nos seres humanos indica que um dos veículos de transferência de agentes patogénicos são os alimentos. Atualmente, a preocupação com a segurança alimentar centra-se principalmente nos agentes patogénicos, nos antimicrobianos, nos resíduos químicos e nas hormonas. O aumento constante das normas nacionais e internacionais em matéria de segurança alimentar e saúde pública tem contribuído para proteger o consumidor contra os riscos para a saúde de origem alimentar. Os agentes patogénicos emergentes, como a Salmonella e a Campylobacter, só podem ser detectados através de um sistema de monitorização específico, uma vez que não existe outra forma adequada de reconhecer essa contaminação. Por conseguinte, a qualidade dos alimentos é um requisito importante para o fabrico de alimentos e as medidas de intervenção na cadeia alimentar devem aplicar procedimentos de produção dentro e fora da exploração agrícola.