L'irrigazione è una parte fondamentale per il successo del trattamento canalare. Ha diverse funzioni importanti, che possono variare a seconda dell'irrigante utilizzato: riduce l'attrito tra lo strumento e la dentina, migliora l'efficacia di taglio delle lime, scioglie i tessuti, raffredda la lima e il dente e, inoltre, ha un effetto di lavaggio e un effetto antimicrobico/antibiofilm. L'irrigazione è anche l'unico modo per colpire le aree della parete del canale radicolare non toccate dalla strumentazione meccanica. Per l'irrigazione del canale radicolare vengono utilizzati diversi mezzi di erogazione, dalla tradizionale erogazione con siringa e ago a vari sistemi azionati da macchine, tra cui pompe automatiche ed energia sonica o ultrasonica.