Repetitive Elemente aus hochfragmentierten Sequenzdaten - Breit, Alexander
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Inhalt dieser Arbeit ist die Evaluierung und Anwendung einer selbstentwickelten in silico Methode zur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole Genome Shotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierende Methode kann durch Intervallclustering und Assemblierung homologer Sequenzen Repeats wiederherstellen, die selbst länger sind als die Eingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitiv vorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden, wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone, Transposons und Retrotransposons aber auch Simple Repeats und tRNAs.

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Produktbeschreibung
Inhalt dieser Arbeit ist die Evaluierung und
Anwendung einer selbstentwickelten in silico Methode
zur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole Genome
Shotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierende
Methode kann durch Intervallclustering und
Assemblierung homologer Sequenzen Repeats
wiederherstellen, die selbst länger sind als die
Eingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitiv
vorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden,
wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone,
Transposons und Retrotransposons aber auch Simple
Repeats und tRNAs.
Autorenporträt
Geboren in Hermannstadt/Rumänien.
1990, im Alter von 13 Jahren mit den Eltern nach Stuttgart
ausgewandert.
Studium der Bioinformatik an der Eberhard-Karls Universität Tübingen.
Diplomarbeit am Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie,
Tübingen.