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El uso inadecuado de agentes antimicrobianos en cobayos para controlar patógenos entéricos afectan la sustentabilidad alimenticia de la población rural, por ello es importante identificar el patógeno, su resistencia y el agente antimicrobiano adecuado para su control. La presente investigación se realizó en explotaciones de cobayos de tipo familiar y familiar - comercial en 8 parroquias rurales del cantón Gualaceo, provincia del Azuay, Ecuador, de donde se obtuvo 384 muestras mediante hisopado rectal de cobayos provenientes de unidades productoras con problemas entéricos (diarrea), mismas que fueron trasladadas al laboratorio de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad de Cuenca, en donde se realizó la infección de medios de cultivo e identificación de los agentes patógenos presentes, mismos que posteriormente fueron expuestos a un antibiograma, con la finalidad de evaluar cualitativamente su resistencia bacteriana.