A responsabilidade de proteger enfrenta vários desafios, incluindo a cooperação inadequada entre as Nações Unidas e as organizações regionais, a falta de atenção ao "hard power", a resistência às medidas preventivas, o Estado de direito e os mecanismos de responsabilização inadequados, a tendência recorrente de concentração em respostas a crimes de conflito e atrocidades em vez de prevenção, a falta de vontade política e de liderança necessária para mobilizar medidas de prevenção de atrocidades, o acesso limitado e a atribuição de recursos a medidas de prevenção como parte de uma estratégia de prevenção de atrocidades a longo prazo, etc. A aprovação da responsabilidade de proteger implica um avanço significativo para a comunidade internacional desde o surgimento do debate sobre a intervenção humanitária. Com efeito, o desenvolvimento de medidas coercivas e não coercivas que podem ser utilizadas pela comunidade internacional, e os princípios de precaução que as acompanham nos casos em que um Estado não cumpriu a responsabilidade de proteger os seus próprios cidadãos, transforma o princípio da soberania num princípio condicional, sem deixar de lado as preocupações dos Estados que anteriormente apoiavam o direito à não ingerência.