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O encharcamento é um dos principais desafios do milho(Zea mays L.) em sistemas de sequeiro. Este estudo avaliou os efeitos do encharcamento contínuo nas caraterísticas morfológicas e bioquímicas de dez genótipos de milho na fase vegetativa. Os genótipos foram expostos ao encharcamento a uma profundidade de cinco centímetros durante 10 dias. Os resultados mostraram que os genótipos susceptíveis apresentavam folhas saudáveis e teores de clorofila reduzidos, enquanto os genótipos tolerantes desenvolviam mais células de aerênquima para o transporte de oxigénio. Os genótipos susceptíveis apresentaram um aumento do peróxido de hidrogénio (H2O2), indicando stress oxidativo. A análise de componentes principais mostrou um aumento da altura da planta em BHM-14 e BHM-9 para tolerância ao encharcamento, enquanto BHM-9 manteve níveis estáveis de H2O2 e maior conteúdo de ascorbato peroxidase (APX). Em contrapartida, várias caraterísticas morfológicas e bioquímicas expressaram-se de forma inversa no BM-7 e no BHM-7 em comparação com os genótipos tolerantes, indicando os genótipos mais susceptíveis. Estes resultados ajudarão o programa de melhoramento do milho a aumentar a tolerância ao encharcamento.