O género Atherinella contém 35 espécies, das quais o estado de Chiapas, México, tem 3: Atherinella alvarezi, Atherinella guatemalensis e Atherinella schultzi, que apresentam confusões ou registos de formas não descritas. O objetivo deste estudo foi avaliar e comparar morfologicamente as espécies de água doce do género Atherinella no estado de Chiapas. Um total de 101 espécimes foram avaliados por morfometria geométrica e morfometria tradicional. Confirma-se a presença de três grupos e os exemplares analisados não correspondem às espécies registadas. Estes resultados permitem-nos propor a existência de taxa não descritos que apresentam variação morfológica possivelmente gerada por processos evolutivos como a adaptação e a diversificação. É fornecido um novo conhecimento taxonómico do género Atherinella em Chiapas, México.