Gli indicatori batterici convenzionali continuano a essere il gold standard utile per la valutazione della qualità dell'acqua. Tuttavia, la presenza di batteri vitali ma non coltivabili continua a causare gravi epidemie dovute all'utilizzo di acqua contaminata da patogeni per scopi potabili e/o ricreativi. Lo scopo di questo lavoro è stato quello di combinare il metodo colturale con la PCR sia monoplex che multiplex per determinare il rischio potenziale dell'acqua esaminata. I metodi di coltura sono stati utilizzati per rilevare indicatori batterici e batteri patogeni selezionati, ovvero Escherichia coli O157:H7, Legionella spp. e Helicobacter pylori. Inoltre, è stata utilizzata la PCR per rilevare E. coli O157:H7 e una PCR multiplex per rilevare simultaneamente i sei geni di virulenza selezionati (flic, stx1, stx2, eae, rfbE e hly). Sono stati raccolti centosettantacinque diversi campioni d'acqua in Egitto. I campioni di acqua sono stati raccolti dal fiume Nilo (ramo di Rossita), dal Mar Mediterraneo, da drenaggi idrici, da acque reflue ospedaliere e da acque sotterranee. Legionella spp. e H. pylori sono stati rilevati con metodi di coltura su terreni selettivi rispettivamente nel 25 e nel 33% dei campioni d'acqua esaminati.