Les cultures sont colonisées par des communautés microbiennes complexes, dont certaines sont nuisibles et provoquent des maladies, tandis que d'autres favorisent la croissance des plantes et améliorent l'acquisition des nutriments et la tolérance aux stress biotiques et abiotiques par une multitude de mécanismes . Les champignons ou les bactéries qui se développent à l'intérieur du tissu végétal sans causer de dommages à l'hôte sont appelés endophytes. Ils s'associent à la majorité des espèces végétales présentes dans les écosystèmes naturels et aménagés. Les endophytes sont considérés comme d'importants partenaires végétaux qui jouent un rôle important dans l'amélioration de la tolérance au stress de l'hôte par rapport à ceux qui n'ont pas cette symbiose]. La plupart des endophytes se trouvent sans aucun effet connu, mais de nombreuses bactéries et champignons établissent une association mutualiste ou pathogène avec la plante hôte. La plupart du temps, le résultat des interactions dépend de facteurs environnementaux, du génotype de l'hôte et du micro-organisme en interaction. Les endophytes sont les micro-organismes qui colonisent sans symptômes les tissus végétaux vivants sans provoquer d'effet négatif immédiat et manifeste sur la plante.