Nutzpflanzen werden von komplexen mikrobiellen Gemeinschaften besiedelt, von denen einige schädlich sind und Krankheiten verursachen, während andere das Pflanzenwachstum fördern und die Nährstoffaufnahme sowie die Toleranz gegenüber biotischen und abiotischen Stressfaktoren durch eine Vielzahl von Mechanismen verbessern. Die Pilze oder Bakterien, die innerhalb des Pflanzengewebes wachsen, ohne dem Wirt zu schaden, werden als Endophyten bezeichnet. Sie assoziieren sich mit der Mehrzahl der Pflanzenarten, die in natürlichen und bewirtschafteten Ökosystemen vorkommen. Endophyten werden als wichtige Pflanzenpartner angesehen, die eine wichtige Rolle bei der Verbesserung der Stresstoleranz des Wirts spielen, im Vergleich zu solchen, die keine solche Symbiose eingehen. Die meisten Endophyten werden ohne bekannte Wirkung gefunden, aber zahlreiche Bakterien und Pilze gehen eine mutualistische oder pathogene Assoziation mit der Wirtspflanze ein. Meistens hängt das Ergebnis der Interaktionen von den Umweltfaktoren und dem Genotyp sowohl des Wirts als auch des interagierenden Mikroorganismus ab. Endophyten sind die Mikroorganismen, die symptomlos das lebende Pflanzengewebe besiedeln, ohne eine unmittelbare, offenkundige, negative Wirkung auf die Pflanze zu haben.