Le biotecnologie sono applicate in molti campi dell'acquacoltura, compreso quello della nutrizione. Il costo dei mangimi per pesci rappresenta circa il 50% dei costi degli allevamenti marini perché dipende principalmente dalla farina e dall'olio di pesce nella formulazione della dieta. Inoltre, i pesci marini non dipendono dai carboidrati forniti nella dieta come fonte di energia e non sono in grado di digerirli in modo efficiente, quindi dipendono dall'olio di pesce come fonte principale di energia e possono dipendere anche dalle proteine. Le biotecnologie cercano alternative non convenzionali alle farine e all'olio di pesce e strumenti per migliorare l'utilizzo dei carboidrati nei pesci, utilizzando esoenzimi, probiotici, programmazione dei pesci o anche trasferimento di geni. Le biotecnologie aiutano a controllare i focolai di malattie nella maricoltura intensiva utilizzando alternative agli antibiotici. Recentemente, il concetto di farina intelligente, che dipende dall'aggiunta di additivi alimentari, ha iniziato a essere applicato in acquacoltura. L'epigentica è un concetto recente di biotecnologia nutrizionale che viene utilizzato per programmare i pesci attraverso l'alimentazione. La biotecnologia viene applicata negli incubatoi, nei sistemi biofloc e periphyton. Gli strumenti biotecnologici sono in fase di sviluppo per migliorare e sviluppare il settore della maricoltura e ridurre i costi di produzione e di alimentazione.
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