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A parte estuarina da Lagoa de Ebrié está sujeita a enormes pressões antropogénicas e a forçamentos sazonais naturais. Um acompanhamento da evolução da sua hidrologia durante o ano de 2014 revelou que ela é fortemente influenciada pelas estações lagunares. Assim, a salinidade, o pH, o oxigénio dissolvido, a temperatura e a transparência são mais elevados na estação baixa-mar, sobretudo na proximidade do canal de Vridi sob forte influência marinha (canal de Biétri e Azito). A matéria em suspensão é mais abundante na estação das chuvas, sobretudo no centro da zona estuarina, onde as descargas domésticas e industriais são mais importantes (Biétri, Cocody e Marcory). Os sais nutrientes (amónio, fosfatos, nitratos, nitritos) são característicos da estação das cheias, sobretudo na parte oriental do estuário, junto ao rio Comoé (Koumassi e M'badon). As águas do estuário são quentes, pobres em oxigénio, nitritos e nitratos, mas ricas em fosfatos e amónio.